Rumah Sakit Tk II R.W. Mongisidi merupakan rumah sakit TNI-AD di wilayah Sulawesi Utara yang secara struktural dan teknis medis dibawah pembinaan Kesdam XIII/Merdeka. Dalam melaksanakan tugas pokok, rumah sakit berpedoman pada Peraturan Kasad Nomor 27 Tahun 2018 tanggal 6 Agustus 2018 tentang Organisasi dan Tugas Kesehatan Komando Daerah Militer (Orgas Kesdam) termasuk didalamnya Organisasi dan Tugas Rumkit Tk.IIR.W. Mongisidi serta berpedoman pada arahan Kakesdam XIII/Merdeka maupun Panglima Kodam XIII/Merdeka.
Rumah Sakit Tk.II Manado melayani personil TNI, Pegawai Negeri Sipil Hankam dan keluarganya diwilayah Kodam XIII/Merdeka yang terdiri dari 6 (enam) wilayah yaitu Kodim 1301/Sangir Talaud, Kodim 1309/Manado, Kodim 1302/Minahasa, Kodim 1303/Bolmong, Kodim 1310/Bitung, dan Kodim 1304/Gorontalo. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertahanan dan Keamanan nomor : KEP/23/X/1990 tanggal 18 Oktober 1990, rumah sakit TNI diperbolehkan melayani masyarakat umum. Ijin Operasional Rumkit Tk.II R.W. Mongisidi sudah dikeluarkan berdasarkan Surat Badan Pelayanan Perizinan Terpadu Provinsi Sulawesi Utara Nomor: 329/8124/I/IRSA/BPT2T/IX/2016 tanggal 16 September 2016 berlaku sampai 5 (lima) tahun. Selain melayani komunitas militer dan sipil di wilayah Manado dan sekitarnya, rumah sakit ini juga melayani pasien rujukan dari wilayah Kodam XIII/Mdk maupun dari luar Kodam seperti dari Ternate dan Ambon.
Dengan adanya otonomi daerah dan pengembangan wilayah seperti Gorontalo menjadi provinsi tersendiri serta mengantisipasi adanya rencana penambahan satuan baru di wilayah Kodam XIII/Merdeka, maka kinerja rumah sakit perlu ditingkatkan dan dikembangkan. Lokasinya yang dekat dengan wilayah Indonesia Timur dan dikelilingi daerah konflik seperti Ambon, Ternate dan Poso, rumah sakit ini sering menerima pasien rujukan dari ketiga daerah tersebut.